补充协议和主合同具有同等法律效力。与主合同不一致的地方，一般以补充协议为准。房屋买卖补充协议是否有效，首先要看主合同是否有效。如果主合同无效，签订的房屋买卖补充协议也无效;如果主合同有效，补充协议的内容不违反法律、法规的强制性规定的，补充协议有效。
1、注意协议的有效性：补充协议中约定的内容非常重要，所以补充协议是否有效非常的重要，但购房者要注意的是，不是所有的补充协议一定有效，只有满足法律规定的才有效力的。对于一些补充协议无效的特殊情况，购房者一定要清楚，另外签订补充协议还有一些要求，购房者必须是具有相应的民事行为能力;是双方意思的真实表达;不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
2、谨防霸王条款：签订补充协议的话，购房者要细看补充协议中的内容，谨防里面存在霸王条款，因补充协议所造成的购房纠纷日益增多，很多人都是因为当事人没有细看补充协议中的内容。虽然说补充协议的目的是为了完善标准的购房合同，但现在则往往成为开发商的霸王条款，消费者基本上没有商量的余地。
3、违约责任说明：对于补充协议可不只是购房合同的补充说明，补充协议生效之后，买卖双方都是要准守的，所以补充协议中也要有违约责任的说明。订立补充协议时，应该注意权利与义务的对应，每一项义务都意味着责任，每一个责任都会产生违约对应的后果。