可以吃。宝宝拉肚子食用益生菌，可以缩短拉肚子的过程，起到一定的治疗作用，同时宝宝拉肚子时服用的抗生素，在杀死感染细菌的同时，也把宝宝肠道内的有益菌杀掉了，而补充益生菌，能有利于建立肠道菌群的平衡。
宝宝吃益生菌的好处
宝宝消化不良、牛奶不适应、急慢性腹泻、大便干燥及吸收功能不好，都可以补充益生菌，能很好的调理宝宝的肠胃，此外益生菌可以通过促进宝宝自身分泌抗体sIgA，提高呼吸道抗感染能力，有效缓解发烧、咳嗽与流鼻涕等感冒症状。
宝宝拉肚子如何吃益生菌
1、益生菌可以泡在奶粉中服用，也可以用水冲服，但是水温不能高于45℃。
2、益生菌不能与抗生素同服，若必须服用抗生素，益生菌与抗生素间隔的时间不应短于3小时。
3、不要把益生菌长时间暴露于空气中，在使用前再打开包装。
宝宝拉肚子吃益生菌注意事项
妈妈在给拉肚子的宝宝使用益生菌时要格外注意，需要去正规医院咨询哪种益生菌适合自己的宝宝，以免给宝宝用错益生菌，加重病情，且益生菌不是治疗宝宝拉肚子最好的方法，妈妈们不要过多依赖，以免耽误宝宝病情，最好就医诊治，对症下药。