法律分析：工商查扣的烟草通常会没收，属于合格烟草的通常会拍卖，所得款项上缴车库，属于不合格烟草的会统一进行销毁。
法律依据：《中华人民共和国烟草专卖法》
第三十五条 无烟草专卖零售许可证经营烟草制品零售业务的，由工商行政管理部门责令停止经营烟草制品零售业务，没收违法所得，并处罚款。
第三十条 无烟草专卖生产企业许可证生产烟草制品的，由烟草专卖行政主管部门责令关闭，没收违法所得，并处罚款。无烟草专卖生产企业许可证生产卷烟纸、滤嘴棒、烟用丝束或者烟草专用机械的，由烟草专卖行政主管部门责令停止生产上述产品，没收违法所得，可以并处罚款。
《烟草专卖许可证管理办法》第三十五条 无五种烟草专卖品经营企业许可证，擅自经营烟叶、卷烟纸、滤嘴棒、烟用丝束、烟草专用机械的，由烟草专卖行政主管部门没收违法所得，处以违法经营总额10%以上20%以下的罚款。