1、性质不同辞职是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为；而自离是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。2、待遇不同辞职是双方协商解除劳动合同。因为合同期未满，一般由劳动方提出解除合同申请，用工方同意后，视为协商解除劳动合同，用工方要给付劳动方应得的劳动报酬及其它权益。自离是劳动方未与用工方协商，单方面解除劳动合同，不仅不能得到应得的劳动报酬，还有可能遭用工方追诉违约损失。3、主体不同解除劳动合同的运用主体可以是用人单位，也可以是劳动者。而辞职、自动离职的运用主体只是劳动者。
法律依据:
《中华人民共和国劳动合同法》
第三十九条劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：1，在试用期间被证明不符合录用条件的。2，严重违反用人单位的规章制度的。3，严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的。4，劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的。5，因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的。6，被依法追究刑事责任的。
第四十条 有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：1，劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的。2，劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的。3，劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。