被家暴双方协议离婚的两个孩子抚养权的分配先由双方协议确定，协议不成的由法院判决。抚养权的归属是以更有利于孩子成长为原则，根据双方的经济实力、教育水平、生活条件等综合判定的。如果家暴一方有不利于孩子成长的情形，则不利于争取到抚养权。在有利于保护子女利益的前提下，人民法院支持父母双方协议轮流直接抚养子女。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》 第一千零八十四条 父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。
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