法律分析：
南京台湾通行证不能周日办理，周六可以，去周六上班的出入境受理点办理。
法律依据：
《国务院关于工作时间的规定》 第三条 国家机关、事业单位实行统一的工作时间，每日工作时间8小时，每周40小时，星期六和星期日为周休息日。 事业单位不能实行星期六、星期日为休息日的，可以调整安排周休息日。
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