增值税专用发票抵扣联丢失处理：
1、扣税凭证丢失时由直接保管人承担相应责任。
2、丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，且丢失前已认证相符的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，
取得相应专用发票记账联复印件(加盖发票专用章)及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(以下统称《证明单》)，并及时传递给发票管理人员，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查，按照扣税凭证归档要求进行管理。
丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前未认证的，由专业部门经办人负责协调与销售方联系，取得相应专用发票记账联复印件(加盖发票专用章)及销售方所在地主管税务机关出具的《证明单》，并及时传递给发票管理人员，发票管理人员凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的，可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。
3、公司丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票的发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票的发票联认证，专用发票的发票联复印件留存备查。
4、公司丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
一、发票复印件丢了怎么办
可以。1、发票记账联才是用来入账的；2、发票联抵扣联是用来抵扣认证的一联；3、发票联抵扣联不入账，要将每月的整理装订保管好；4、记账联在就可以入账，发票联抵扣联丢失可以用记账联认证抵扣。丢失发票，可到开票单位取得发票复印件，并加盖开票单位公章。
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